Dans la recherche sur le cancer, les progrès se font souvent au rythme des nouvelles avancées : nouveaux médicaments, nouveaux biomarqueurs, nouvelles connaissances sur le comportement des tumeurs. Toutefois, la majorité des personnes qui reçoivent un diagnostic de cancer rare ne peuvent pas fonder d’espoir sur de telles avancées. Les cancers rares étant souvent définis par leur rareté plutôt que par leur gravité, les médecins peinent à proposer des traitements, des essais cliniques ou ne serait-ce que des explications à leur patientèle.
Grâce à l’Initiative Jerry-Pelletier : innovations diagnostiques et thérapeutiques dans les cancers rares, on espère changer les choses. Nommée en l’honneur de feu Jerry Pelletier et financée par le programme Recherche à visée translationnelle de D2R, cette initiative rassemble des scientifiques, des cliniciens et des cliniciennes en un vaste réseau multidisciplinaire dont l’objectif est de mieux comprendre les cancers rares et de transformer les connaissances en outils diagnostiques tangibles et en traitements personnalisés.
Cette initiative est le fruit d’une collaboration d’envergure entre les chercheurs principaux Mark Lathrop et Morag Park et une Ă©quipe composĂ©e de cochercheurs, de cochercheuses, de collaborateurs et de collaboratrices dont les expertises variĂ©es sont mises Ă profit Ă diffĂ©rentes Ă©tapes et pour diffĂ©rents volets de la recherche sur le cancer. L’Initiative est un projet conjoint de l’Institut du cancer Rosalind-et-Morris-Goodman, de l’Institut de mĂ©decine gĂ©nomique Victor-Phillip-Dahdaleh, des instituts de recherche des hĂ´pitaux affiliĂ©s Ă l’UniversitĂ© Â鶹´«Ă˝ÍřŐľ et de deux entreprises partenaires, soit Oxford Nanopore Technologies et 10x Genomics.
Des cancers délaissés
Les traitements contre le cancer ont énormément progressé au cours des dernières décennies. Cependant, certaines personnes en ont bénéficié plus que d’autres. L’oncologie de précision a connu un essor fulgurant ces dernières années, et des technologies telles que le séquençage génétique, la modélisation des tumeurs et les traitements à base d’ARN ont permis l’identification de cibles tumorales précises et l’établissement de plans de traitement beaucoup plus efficaces. Dans les cancers rares, les données sont toutefois limitées. Les cas étant peu nombreux à l’échelle mondiale, les scientifiques manquent d’informations biologiques pour trouver des biomarqueurs ou des voies pouvant servir de cibles thérapeutiques. De plus, les investissements dans les traitements contre ces cancers ne sont pas rentables pour les entreprises pharmaceutiques en raison du petit nombre de personnes atteintes. Par conséquent, ces dernières ne peuvent pas bénéficier de la révolution de la médecine de précision.
L’Initiative Jerry-Pelletier vise à inverser cette tendance grâce à la génomique avancée, à la modélisation complète des tumeurs et à des stratégies thérapeutiques basées sur l’ARN. Ces techniques permettront aux scientifiques d’étudier les sous-types de cancers rares avec une précision inédite. Morag Park, cochercheure principale du projet, explique : « Nous avons enfin la possibilité d’étudier les altérations dans les cancers rares, mais aussi de mettre au point de nouvelles stratégies thérapeutiques pour cibler ces altérations. En gros, nous mettons en place un réseau d’oncologie de précision contre les cancers rares qui avaient jusque là été laissés pour compte. »
Un réseau d’oncologie de précision
Au cœur du projet se trouve le réseau d’oncologie de précision, conçu aux fins de détection des cas de cancers rares dès l’entrée dans la filière clinique. Morag Park explique que le projet vise la création d’un flux continu entre clinique, recherche et, finalement, clinique pour boucler la boucle. En cas de diagnostic de cancer rare, la tumeur est identifiée par les cliniciens et cliniciennes, prélevée, puis envoyée aux scientifiques pour être rapidement séquencée, analysée et modélisée. Les résultats sont ensuite renvoyés à la clinique, l’objectif à long terme étant que ces informations guident les décisions thérapeutiques futures et améliorent les soins prodigués.
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Le projet comporte un éventail d’outils de recherche de pointe servant à décoder et à modéliser systématiquement les cancers rares. Les tumeurs sont soumises à un séquençage du génome et du transcriptome à lecture longue qui génère une carte complète des mutations, des différences structurelles et des cibles thérapeutiques, informations essentielles à la découverte de traitements contre les cancers rares peu étudiés. En parallèle, l’équipe crée des modèles dérivés de patients et patientes en transférant des cellules tumorales dans des souris afin d’obtenir des modèles de xénogreffes en croissance, soit des versions cultivées en laboratoire d’une tumeur, et en développant des lignées cellulaires et des modèles organoïdes in vitro en trois dimensions, qui permettent aux scientifiques de tester les traitements en toute sécurité avant de les utiliser chez l’humain.
Yasser Riazalhosseini, cochercheur participant au projet et directeur du Laboratoire de génomique du cancer à l’Institut de médecine génomique Victor-Phillip-Dahdaleh, supervise les analyses génomiques de l’Initiative. Il ajoute : « L’étendue et la profondeur des analyses moléculaires effectuées dans le cadre du projet sont sans précédent et visent à maximiser les chances de trouver des informations exploitables. Nous examinons chaque échantillon de tumeur sur les plans de l’ADN, de l’ARN et des protéines à l’aide de technologies de pointe, notamment des approches de profilage spatial et unicellulaire, afin de générer des profils moléculaires à pleine résolution de la tumeur ». En combinant les profils moléculaires avec des expériences sur des modèles de tumeurs vivantes, l’équipe de recherche met en place un réseau fonctionnel capable d’identifier, de modéliser et, ultimement, de cibler des tumeurs rares avec une précision inédite.
Le rôle clé joué par la clinique
Outre la modélisation et la découverte de traitements, l’une des caractéristiques déterminantes de cette initiative est l’accent mis sur la communication fluide entre les équipes cliniques et de laboratoire. Comme le projet comporte de nombreux acteurs travaillant pour le compte d’une patientèle très réduite, l’équipe clinique joue un rôle essentiel en identifiant les personnes atteintes de cancers rares, en les informant sur l’Initiative et en prélevant des échantillons. Ces cliniciennes et cliniciens doivent impérativement être tenus informés, non seulement pour qu’ils puissent expliquer clairement le projet à la patientèle, mais aussi pour que les découvertes puissent être utilisées en clinique et orienter les décisions thérapeutiques.
Dans le cadre de cet effort de communication, des représentants et représentantes du projet assistent aux réunions de comités de thérapie du cancer, au cours desquelles des cliniciens et cliniciennes examinent des cas difficiles, afin de leur parler de l’Initiative et des outils de caractérisation des tumeurs qu’elle peut offrir. Le volet clinique doit composer avec ses propres difficultés, telles que l’obtention des autorisations éthiques pour les cas potentiels, la mobilisation de cliniciennes et cliniciens déjà surchargés et la détermination des critères d’admissibilité chez une patientèle aussi rare que variée.
Le Dr William Foulkes, cochercheur participant au projet, possède une vaste expérience dans le domaine des cancers rares. Il explique que ces obstacles ne se répercutent pas seulement sur le plan administratif : ils ont des répercussions directes sur la rapidité avec laquelle les découvertes peuvent être mises en pratique. « Le premier obstacle est l’approbation éthique, qui prend beaucoup plus de temps qu’on le pense », dit-il. « On s’imagine que l’examen et l’approbation prennent quelques semaines, mais, en réalité, ces étapes s’échelonnent sur plusieurs mois. » L’établissement de critères d’inclusion clairs est tout aussi important. « Nous devons savoir exactement quelles personnes doivent être incluses dans cette étude et celles qui ne doivent pas l’être. Une patiente atteinte d’un cancer du sein courant n’en tirerait aucun bénéfice, car nous disposons déjà d’excellents traitements. »
Une fois l’étude lancée, le Dr Foulkes s’attend à ce que les patients et patientes manifestent un vif intérêt. « Nous ne proposons cette étude qu’aux personnes qui, malheureusement, n’ont pas beaucoup d’options. Par conséquent, je pense que la plupart seront tout à fait partantes lorsqu’elles en entendront parler. » En dernier lieu, il souligne que le réseau de communication a un seul objectif : faire des découvertes exploitables. « Le scénario idéal est la découverte d’une cible génomique inattendue pour laquelle il existe déjà un médicament, que le clinicien considère comme un traitement potentiellement efficace. Si le patient répond favorablement, ce serait une véritable victoire. »
La collaboration au cœur du progrès
L’existence d’un cadre collaboratif où la contribution de chaque membre est essentielle s’impose en raison de la complexité de la mise en relation entre les équipes de recherche, les équipes cliniques et la patientèle. Cet esprit de collaboration s’étend à la structure du projet, qui doit comprendre des réunions fréquentes où tous les volets du projet sont abordés. Comptant 32 cochercheurs, cochercheuses, collaborateurs, collaboratrices et scientifiques postdoctoraux, cette initiative montre qu’aucune discipline ni aucun laboratoire ne peut s’attaquer, seul, aux cancers rares. Morag Park insiste sur ce point : « Au cours des 25 dernières années, j’ai mis en place des projets comme celui-ci avec l’aide de cliniciens, de pathologistes et de bioinformaticiens. Ces projets ne peuvent aboutir que si toutes ces personnes participent. L’apport de chaque personne est important, et cette philosophie a été intégrée au projet dès le début ».
L’objectif à long terme de l’Initiative Jerry-Pelletier est clair : mettre en place un réseau qui nous permette de passer d’une mauvaise compréhension des cancers rares à une cartographie approfondie, ciblée et traitable. Les outils mis au point dans le cadre de ce projet pourraient redéfinir le diagnostic et la prise en charge de ces maladies. Plus largement, l’Initiative s’inscrit dans la vision d’un avenir médical inclusif et fondé sur la génomique. En se concentrant sur les cancers ayant été négligés par le passé, le projet rend l’oncologie de précision plus équitable et mieux adaptée aux besoins de la patientèle, quels qu’ils soient. « Ces personnes passent entre les mailles du filet. Nous améliorons de plus en plus le traitement des cancers les plus courants, mais pas celui des cancers rares. C’est pourquoi il est vraiment important de commencer à travailler sur ces cancers, de cibler des mécanismes et de trouver des options de traitement », conclut Morag Park.
Dans les cancers rares, on doit miser sur une meilleure coordination, une communication plus efficace et une collaboration plus serrée pour pallier la rareté des données et des ressources. C’est précisément ce que fait l’équipe de l’Initiative Jerry-Pelletier en établissant un cadre visant à garantir que la patientèle atteinte de cancers rares bénéficie de l’attention, de la recherche et, éventuellement, des traitements dont elle a besoin.
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